از نظر کاربرد، توپ های مغناطیسی را می توان برای رشد فکری کودکان استفاده کرد و به آنها در درک اشکال هندسی و ساختارهای فضایی کمک کرد. آنها همچنین می توانند توسط بزرگسالان برای کاهش استرس مورد استفاده قرار گیرند و به آنها اجازه می دهد با بازی با توپ های مغناطیسی استراحت کنند. علاوه بر این، از توپ های مغناطیسی در آزمایش های علمی برای نشان دادن اصول اولیه میدان های مغناطیسی و نیروها استفاده می شود.
هنگام استفاده از توپ های مغناطیسی باید به نکات زیر توجه کرد: اولاً، چون توپ های مغناطیسی دارای خاصیت مغناطیسی قوی هستند، از قرار دادن آنها در نزدیکی وسایل الکترونیکی برای جلوگیری از تداخل در عملکرد عادی آنها خودداری کنید. دوم، توپ های مغناطیسی برای کودکان خردسال مناسب نیستند، زیرا بلع تصادفی ممکن است باعث مشکلات جدی سلامتی شود. در نهایت، از قرار گرفتن طولانی مدت توپ های مغناطیسی در دمای بالا خودداری کنید، زیرا ممکن است بر خاصیت مغناطیسی آنها تأثیر بگذارد.